Menyusul penutupan kasus “Laughing Man”, Bagian 9 didirikan kembali oleh Perdana Menteri Jepang yang baru terpilih, Youko Kayabuki, untuk memerangi ancaman terorisme dunia maya yang terus-menerus.
Sebuah kelompok yang menyebut diri mereka “The Individual Eleven” telah mulai melakukan aksi teror di seluruh Jepang. Sementara Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou, dan anggota lain dari Bagian 9 menyelidiki ancaman baru ini, pemerintah Jepang menghadapi krisis yang terpisah, ketika pengungsi asing yang dipindahkan oleh Perang Dunia Ketiga mencari suaka di Jepang. Tetapi ketika anggota-anggota tim operasi khusus terus-menerus menghadapi Gouda Kazundo — seorang anggota terkemuka Kabinet Intelligence Service — dalam perburuan mereka, mereka mulai curiga bahwa ia mungkin terlibat, dan bahwa peristiwa krisis pengungsi dan The Individual Eleven mungkin lebih terhubung daripada yang mereka sadari …
