Gerbang ke Dunia Digital telah ditutup selama tiga tahun. Taichi Yagami dan teman-temannya telah pindah, dan sekarang dia berada di tahun kedua sekolah menengahnya, sekarang saatnya baginya untuk tumbuh dewasa. Sementara semua orang tahu apa yang ingin mereka lakukan dengan hidup mereka, Taichi tetap tidak yakin. Sementara itu, kelompok itu semakin terpisah ketika mereka mengikuti jalan mereka sendiri.
Suatu hari, Digimon insektoid jahat yang disebut Kuwagamon terwujud dan mengganggu elektronik di seluruh kota. Taichi mengejar secara sembrono dan akhirnya terpojok oleh Digimon yang menyerang. Tiba-tiba, Digivice yang masih ia bawa — perangkat digital yang melayani berbagai keperluan termasuk membantu pasangan Digimon seseorang berkembang — bersinar, dan Agumon muncul. Keduanya mampu mengalahkan Kuwagamon, tapi mengapa Digimon menyeberang ke dunia ini sejak awal? Apa yang terjadi di Dunia Digital, dan bagaimana tepatnya ini melibatkan Meiko Mochizuki, siswa pindahan baru di kelas Taichi?
